Skanujemy programem. Do ściągnięcia ze strony projektu. Najlepiej ściągnąć całą dystrybucję opartą o Ubuntu gdyż program ma dzikie zależności i ciężko go inaczej uruchomić.
Podczas skanowania nie udało się uruchomić silnika kontrolującego laser (można go kontrolować z poziomu panelu kontrolnego). Komentarz w pliku konfiguracyjnym i informacje na listach dyskusyjnych sugerują, że ta funkcja nie jest jeszcze obsługiwana. Deweloperzy twierdzą, że może ona nieznacznie poprawić jakość skanów, ale zazwyczaj z niej nie korzystają.
W FabScanie nie działa zapisywanie do formatu STL. Plik trzeba wyeksportować do formatu ply. Można go wtedy obrabiać w programie MeshLab i stosując mechanizmy rekonstrukcji siatki spróbować stworzyć plik STL. Jest to dość żmudny proces.